Ce singe utilise les sources thermales pour se réchauffer lors de la saison froide.
Le macaque japonais possède un pelage beige pâle, une courte queue (10 cm), des fesses rouges, et sa face, entièrement nue, est de couleur peau. La peau des fesses ainsi que celle du visage peut devenir d'un rouge rubis chez une femelle en chaleur (oestrus). Le mâle a un poids de 10 à 14 kg (22,0 à 30,8 lbs), celui de la femelle est de 8 à 10 kg (17,6 à 22 lbs). Le mâle mesure entre 88 et 95 cm (2,9 et 3,2 pi) et la femelle entre 79 et 84 cm (2,5 et 2,8 pi). C'est une espèce nomade, grégaire et diurne. Le macaque japonais habite les forêts mixtes d'arbres feuillus et de conifères des montagnes du Japon.
Ce singe est omnivore, mais surtout végétarien et préfère les fruits, les baies et les noix. C'est le plus nordique de tous les primates au monde. Résistant aux grands froids grâce à sa fourrure épaisse et à sa solide constitution, il est devenu célèbre à cause de son aptitude à acquérir des comportements nouveaux. L'hiver, il se réchauffe dans les sources thermales qui surgissent dans leur habitat. Ces singes vivent en groupes de 20 à 100 individus. La structure sociale est fondée sur les liens de parenté des femelles. Elles restent avec la même troupe toute leur vie tandis que les mâles se dispersent dès la puberté. Le macaque japonais est présentement considéré comme une espèce menacée, principalement en raison de la destruction de son habitat qu'est la forêt.